単純に /hoge と /fuga に別々のアプリケーションをdeployするのなら、話は単純で、以下のチュートリアルのとおりなんですが。

問題は passenger_base_uri に「/」を指定できないこと。

方針としては、「/」のアプリケーションと「/hoge」のアプリケーションは別々のポートで配備して、かつ「/」をデプロイした側から、リバースプロキシで「/hoge」に飛ばしてあげる、という感じです。Pound辺りと組み合わせてもいいんですが、Nginxだけで完結できます。

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